Existen cientos de miles de especies y cepas diferentes de microorganismos que interactúan directa o indirectamente con las plantas. Cada uno de estos microorganismos cuenta con su propia información genética, distinta de la de la planta. Al sistema de genes de una comunidad microbiana se le denomina microbioma de la planta y es crucial para su nutrición y su desarrollo vegetativo. La rizosfera, un pequeño espacio de suelo cercano a la raíz, alberga buena parte de esa diversidad microbiana y en ella las plantas seleccionan su microbioma conforme a sus necesidades. Juntos, el genoma de la planta y su microbioma forman el holobioma vegetal, una unidad genética selectiva.

En un ecosistema de éxito, como la rizosfera de las plantas, las comunidades de microbiomas se adaptan al entorno, interaccionan y colaboran entre sí y con las plantas en beneficio mutuo. Así, plantas y microorganimos forman una simbiosis en la que la planta proporciona nutrientes al microbioma y viceversa. Juntos conforman holobiontes que responden conjuntamente a los estreses bióticos y abióticos.

Se ha demostrado que las distintas relaciones microbianas establecidas con las plantas a través de los servicios de mineralización y suministro de nutrientes, están relacionados con la protección frente a plagas y enfermedades, y con la tolerancia al estrés abiótico. Todas estas acciones nutritivas y fitosanitarias dependen en una proporción significativa del equilibrio de los holobiomas conformados.

Un microbioma equilibrado se puede convertir en una barrera perfecta para los patógenos, quienes no podrán desarrollarse por la presencia física de microorganismos adversarios que actúen como antagonistas, o por la falta de nutrientes esenciales para su desarrollo.

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