Uno de los principales retos de la horticultura convencional es intentar reducir los problemas que se ocasionan en el suelo por la falta de rotación de cultivos.
La repetición anual de la una especie en la misma parcela, produce fatiga y favorece la aparición de patógenos de suelo asociados al cultivo como hongos que dañan el sistema radicular y vascular de las plantas (Phytophthora, Verticillium, Fusarium, Rhizoctonia) y nemátodos, que son gusanos microscópicos que se alimentan de las raíces de las plantas provocando una gran depresión en los cultivos.
Todos estos patógenos tienen además la capacidad de crear estructuras que pueden permanecer latentes en el suelo durante muchos años y volver a reinfectar el cultivo cuando la especie vuelve a la misma parcela.
Las rotaciones de cultivo son la manera natural de evitar la aparición de estos problemas.
