El adecuado manejo fitosanitario de las plantaciones de pimiento para pimentón se basa en el control biológico de algunas de sus principales plagas. Aunque la liberación controlada de Orius laevigatus sobre las parcelas, coincidiendo con el desarrollo de las primeras flores, puede ser importante para que se instalen cuanto antes y reducir los riesgos de trips y virus del bronceado, asociado a este insecto, lo fundamental es evitar realizar tratamientos fitosanitarios que impidan la posibilidad de que se instalen de manera natural, aunque sea más tarde.

A excepción de las orugas de algunas especies de lepidópteros y de la oidiopsis, que pueden controlarse con productos muy compatibles con los auxiliares, el resto de plagas que puede afectar a este cultivo suele mantenerse con niveles bajos, sin causar daños, salvo excepciones, si la presencia de fauna  auxiliar es importante.

El Servicio de Sanidad Vegetal de Murcia ha puesto a disposición de los productores de pimiento para pimentón un manual con las recomendaciones básicas del manejo fitosanitario de este cultivo, en el que se priorizan las medidas para conseguir una buena instalación de auxiliares.