La cuarentena vegetal es una medida de control dirigida fundamentalmente a regular la introducción de plantas, materiales de plantación, productos vegetales, suelo, etc., con el fin de prevenir la introducción accidental de plagas exóticas, malas hierbas y patógenos perjudiciales para la agricultura o el medio ambiente. La Directiva 2000/29/CE señala el riesgo de la presencia de los hongos Phyllosticta citricarpa o Elsinoë spp. en determinados frutos cítricos. Para impedir su introducción y propagación en la Comunidad Europea son muy importantes tanto la inspección fitosanitaria de las importaciones como la correcta aplicación de protocolos específicos de detección e identificación de estos hongos.
Los organismos nocivos de los vegetales afectan a los cultivos en todo el mundo, ocasionando importantes pérdidas económicas. Concretamente, las plagas y las enfermedades no sólo reducen notablemente la cantidad de productos recolectados, sino que también pueden deteriorar considerablemente su calidad. Las estrategias de manejo de los cultivos dirigidas a la reducción de estas pérdidas incluyen diversos métodos de control, entre los que se debe considerar la cuarentena vegetal.
